Een microscoop kan worden gebruikt om heel veel zaken te onderzoeken.
Bij huidziekten worden er huidafkrabsels, afdrukpreparaten, (oor)swabs en celpreparaten genomen om dit te kunnen onderzoeken, op zoek naar infecties, parasieten en voor cel onderzoek.
Ook gezwellen worden vaak aangeprikt met een fijn naaldje. De cellen die in dit naaldje zitten worden op een draagglaasje gebracht en achteraf gekleurd.
Soms worden ook preparaten van bloed, stoelgang, urine en vocht uit de buik, prostaatvocht… nagekeken om meer informatie te krijgen over cellen en infecties.
Vaak geeft dit weinig invasief onderzoek al heel veel informatie.